株式譲渡と事業譲渡はどちらを選ぶか｜許可の扱いで比べる

基本の違い

株式譲渡は、会社の株主が変わるだけで、会社そのものは変わりません。会社が持っていた許可・契約・資産・負債・従業員は、すべてそのまま会社に残ります。

事業譲渡は、会社が持っている事業（資産・負債・契約など）を、個別に相手へ移す取引です。移すものを1つずつ特定し、それぞれについて手続きを行います。

株式譲渡なら、営業許可は会社に紐づいたまま継続します。代表者が変わった場合の届出は必要になることがありますが、製造を止める必要はありません。

事業譲渡では、営業主体が変わるため、原則として譲受側が新たに許可を得る必要があります。施設が同じでも、申請・検査・許可という手続きを踏むことになります。

この期間をどう扱うかが実務上の最大の論点です。取得のタイミングとクロージング日をどう合わせるかを、早い段階で管轄の保健所に確認してください。事業譲渡のときの営業許可と営業許可は引き継げる？で詳しく扱っています。

中小企業のM&Aでは、株式譲渡が選ばれることが多いのが実情です。手続きが簡潔で、許可も契約も従業員もそのまま引き継げるためです。

事業譲渡が選ばれるのは、次のような場合です。

株式譲渡では、対価は株主個人が受け取ります。事業譲渡では、対価は会社に入り、そこから個人に移すには配当や役員退職金といった手続きが必要で、その都度課税されます。

一般に、売り手個人の手取りは株式譲渡のほうが有利になりやすいとされます。ただし個別の事情で変わるため、必ず試算してください。売却後の手取りと事業譲渡の税務を参照してください。

事業譲渡の場合、事業を移した後の会社は売り手側に残ります。不動産を持ち続けて賃貸する、清算する、といった判断が別途必要になります。工場不動産を分けて残すで扱っています。

株式譲渡なら契約はそのまま継続する、と書きましたが、例外があります。契約書に支配権の変更があった場合に相手方の承諾を要する、あるいは解除できるという定めがあると、事前の同意が必要になります。

OEM契約や大手量販店との取引では入っていることが多い条項です。契約書の棚卸しと取引先の同意をご確認ください。

一部の事業だけを移したいが、許可や契約は包括的に引き継ぎたい。そうした場合に会社分割という方法があります。ただし手続きが複雑で、許認可の扱いも個別の確認が必要です。会社分割を使う整理をご覧ください。

2番目を後回しにしないでください。許可の手続きに要する時間が、スケジュール全体を決めます。

※ 営業許可の取扱いは自治体の運用によって異なり、税務の取扱いも個別の事情によって変わります。実行にあたっては、管轄の保健所および税理士・弁護士等の専門家に必ずご確認ください。